Los emuladores de NES y Mame de Windows pondrán servir si instalas Wine (este programa permite aunque no siempre de forma correcta rular programas de Windows)
De todas formas lo mejor y mas aconsejable es usar emuladores para Linux, de Nes hay varios, y Mame existe para Linux lo cual no te implicaría ningún problema mas que en el caso de Mame poner las roms donde corresponda o configures.
Emuladores de nes tienes:
-FCEUX
-Higan (es un multiemulador de varias consolas de Nintendo, muy bueno pero no muy amigable en consumo de CPU al menos la parte de emulación de SuperNintendo)
-FakeNES
Y seguro hay mas.