¿Y porque el GPU trabajaria mas en modo clonado?, incluso en modo extendido no habria mucha diferencia, el renderizado de la imagen le toma el mismo trabajo en modo clonado a los circuitos dedicados al render y a los circuitos encargados del video [la imagen ya renderizada] solo dividen el stream de video en dos vias [las dos salidas de video], donde trabajarian 'un poco' los circuitos de salida seria en el caso de MODO clonado donde un monitor/televisor/proyector sea de video analogo y el otro monitor/televisor/proyector sea de video digital [el circuito de video debera hacer la conversion a video analogo para la salida de vide analoga].
Como sea, esperemos que con la resolucion personalizada se resuelva tu problema y sera cuestion de que pruebes otras alrededor de la que usa el monitor.