Sabes si te pasa con más juegos? Esque puede ser que al usar un medio externo cargue de una manera más lenta las texturas y provoque relentizaciones.
Yo también tengo un SATA, un Western Digital Scorpio Blue exactamente. Y corre a 5.200 rpm y son 2.5 pulgadas. Lo malo de usar un HDD externo de 7.200 rpm es que supera las velocidades de PS3. Y todo que ofrece unas mejores prestaciones y el silencio en db's será más pequeño, el rendimiento a nivel general será errático. La PS3 no está muy preparada, que digamos, para aguantar las 7.200 rpm limpias. Igual es por eso... De todas formas responde a lo que te dije si puede ser.
Un saludo.