La diferencia de velocidad de una a otr prácticamente no se va a notar. Quizá un segundo más al encender la consola o al iniciar un juego, pero inapreciable si no tienes 2 consolas para comparar.
De hecho acabo de hacer la prueba con 2 consolas (modelos new) con sds de 64 y 128 y la diferencia ha sido esa.
Cuanta más capacidad siempre es mejor. Pero vamos, que si tienes ya una y en el futuro queréis ampliar la memoria, basta con pasar todo de una sd a la nueva de mayor capacidad y estaría listo.