Cualquier tipo de malware de windows no puede afectar a ubuntu, así de simple, por eso no te preocupes. Por otra parte, Ubuntu por defecto detecta tus particiones y otros unidades de disco duro, pero no las mota, así, que que mientras no accedas a ella, no la montara, y no habrá ningun problema. Supongo que te habras dado cuenta, que siempre, la primera vez que intentas acceder a la partición de windows en ubuntu, te pide la pass, eso es porque hasta que no se la pones no la monta, y no toca esa unidad. La verda no se como quitar que te aparezca la unidad en si, supongo que habrá alguna manera de que no te aparezca.
Por otro lado, en windows no te aparece la de ubuntu por que no tiene el driver para funcionar con el sistema de ficheros de linux, hay algun driver por ahí, pero a mí nunca me han funcionado bien.
.
