@rafa-lito no hace falta que esté en ningún directorio específico. Yo lo tengo en una carpeta en el pendrive de "overlays" y ya está. Dentro del juego en cuestión le das al botón que tengas asignado para el menú rápido (yo uso un mando de PS4 y tengo asignado L2 y R2 para que se abra). Ahí te vas a Superposiciones, Mostrar Superposición SÍ, y donde pone Preajuste de Superposición eliges la que quieras.
Una vez hecho esto vuelves atrás y en Personalizaciones guardas para el juego, Directorio o Núcleo. Lo ideal es uno para cada sistema. Y aparte yo tengo uno para cada juego de MAME, pero hay que aplicarlos a machete, uno a uno, así que pongo los que más me gustan en cada uno.
Con respecto al shader, te digo la ruta del que uso. Primero lo tengo en Pasadas del Shader a 1. Y donde pone Shader #0, elige Shaders_glsl/scanlines/shaders/scanline.glsl.
Aplicas cambios, guardas Preajuste, vuelves atrás y otra vez, en Personalizaciones guardas para juego, núcleo o Directorio, lo que quieras.
Espero que sirva de algo. Como digo, yo tengo el firestick simple y me va muy bien en este aspecto.