Duda sobre actualizar programas desde las fuentes.

Una pregunta tonta pero es que estoy tan acostumbrado a los paquetes rpm que tengo una duda sobre los programas que se instalan compilando el codigo.

Si yo compilo un programa por ejemplo programa1.0 y se situa en /usr/local/programa1.0 y hay algun bug o una nueva actualizacion y yo quisiera actualizar a programa2.0 ¿como tendria que hacerlo?

Valdria con compilar el codigo nuevo (programa2.0) y el ya reemplaza al viejo o tendria antes que borrar la carpeta y archivos que me instalo el programa antiguo?
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