Sin tener mucha idea, ya que cada banco es un mundo, podría ser esto:
Cada vez que amortizas, se hace un recálculo de la hipoteca, como un borrón y cuenta nueva. Para hacer esto, primero tienes que pagar los intereses que le debes al banco acumulados este mes.
Para que se me entienda.
Pongamos que la letra te la cobran el día 1. Ese día, como todos los meses, le pagas al banco todo el interés acumulado y lo que queda, va a amortizar.
Si ese día adelantas dinero, como no debes nada de interés, todo va a amortizar.
En cambio, si quieres pagarle al banco el día 15, primero el banco quiere que le pagues los intereses de esos 15 días, y lo que quede, pasa a amortizar. Para compensar, el día 1, cuando toque pasar la letra, el interés sería solo del día 16 al 30, por lo que amortizarías bastante más ese mes.
Es una posibilidad de por qué podría ser. Si quieres comprobar si es así, prueba a hacerlo distintos días, antes y después de pagar la letra, a ver si es eso.