Si, y es recomendable hacerlo para evitar que al actualizar el firmware te "tragues" el update del juego por error
Si instalas un firmware nuevo desde USB y tienes un disco metido en el lector (o un backup montado con un backup manager).... el disco/backup tiene preferencia sobre el USB
Es decir... inicias la instalacion del update que esta en el USB... pero el firmware te instala el update del disco/backup (sin avisarte... tu te piensas que te esta instalando lo del USB pero en realidad te esta instalando lo del disco/backup)
Hay mucha gente que ha perdido el cfw por este error (han instalado un firmware oficial sin darse cuenta)