para hacer las cosas bien, deberías coger un disco duro externo, hacer una copia de seguridad de TODO con time machine, cambiar el disco duro (o comprarte uno nuevo sshd de 1tb, notarás el rendimiento), formatearlo y luego respaldar la copia de seguridad. me parece que sí respeta todas las configuraciones, así que habrás hecho una instalación limpia y tendrás tus programas de nuevo.
no sé si funcionará lo que dices, no lo tengo claro, pero lo mismo cuando instalas el SO, instala unos drivers específicos para tu macbook, que si mudas, no va a funcionar correctamente.