Yo también uso regularmente CCleaner. Funciona bastante bien, y no suele pifiarla nunca al borrar cosas. En cambio el tema del registro... Tenerlo limpio es más cuestión de orden personal (saber que "está limpio"), porque el rendimiento cuando lo limpias con Ccleaner no mejora en absoluto. Piensa que limpias unas pocas entradas de la enorme cantidad de ellas que hay.
Lo que sí que debe influir bastante es el tema de la fragmentación del registro. Había algunos programas para desfragmentarlo, ya que creo que en un desfragmentador normal no se toca el registro, lo cual tiene sentido.
Sobre el resto de funciones de limpieza de ficheros y temporales, van también bastante bien. Te pueden hacer ahorrar mucho espacio en disco, pero vuelvo a lo de antes: realmente el rendimiento no va a mejorar demasiado, salvo que tengas toneladas de morralla por el disco duro, que todo puede ser.
Lo que sí que se nota es el desfragmentador. Defraggler lo uso como defrag "rápido", haciendo scan, poniendo la lista de archivos y dándole a desfragmentar. Así sólo junta los ficheros. Si quieres un desfragmentador agresivo, tienes MyDefrag, anteriormente JkDefrag. Con este puedes desfragmentar (juntar) archivos y ordenarlos por carpeta (system monthly, ese es el script que debes usar para esto), lo cual SÍ se nota en el rendimiento del disco.
