A ver voy a aclarártelo.
Puedes hacer que esos cias legitimos se te vinculen al NNID, para ello tienes que actualizar la consola, entrar en la eshop y comprobar que tienes los juegos ahi para volver a descargarlos. Entonces se te habrán vinculado al NNID, de modo que tienes que recordar tu NNID para esa consola.
Si formateas la consola y vuelves a introducir ese mismo NNID, tendrás tus cosas compradas y los cias legitimos para descargar desde la eshop.
Para traspasar toda esa información a una nueva consola, tienes que usar la transferencia de NNID de Nintendo, para que se desvincule de tu consola y pase a la nueva, por ejemplo por si te compras una New 3DS, pues puedes pasar tu NNID y los juegos que hayas comprado, incluso los cias legitimos instalados o no.
Pero en definitiva, si, si actualizas la consola al máximo con os cias legitimos instalados y asignas un NNID si no lo tienes ya, los juegos se vinculan a tu cuenta como si los hubieras comprado o más bien, como si te hubieran venido instalados en la consola al comprarla.
Saludos!