Clonezilla es bastante potente, si clonas a imagen y usas un modo que no sea raw (o sea, con dd que copiara INCLUSO el espacio libre aunque no tenga datos utiles) ocupara la imagen lo que tuviera en uso ese disco duro y al menos por el metodo de compresion utilizado.
Y una imagen es un archivo, así que no borrara nada e incluso lo puedes meter en carpetas y subcarpetas para tener varias organizadas (no es raro hacer con el copias en red para tener multitud de copias de seguridad de una empresa en un solo equipo).
Si queréis clonar a una partición mas pequeña (o disco duro mas pequeño como un SSD por ej), lo mas cómodo es normalmente antes de clonar, redimensionarla y hacer mas pequeña. Luego podeis volver a redimensionar para usar todo el espacio disponible, esto con gparted es bien facil, partedmagic por ejemplo tiene todas estas herramientas, es libre, gratuito y en livecd/usb.
De particion/dispositivo a particion/dispositivo es clonar, si se hace a o desde un archivo este se considerara una imagen considerando el proceso hacer copia de seguridad o restaurar.
Para muchos es muy comodo tener una particion en otro formato (ej:ext3/4) que no detectara windows y tener allí almacenadas copias de seguridad hecha mediante clonezilla y otros programas. Así ademas os aseguráis que no la borráis tontamente en busca de espacio (ocultar en mi pc si sale para evitar problemas

).