Simplemente tenéis que hacer transferencia de datos, tenéis la opción en el menú de configuración (llave inglesa), Otras opciones, Transferencia (página 3).
Los datos de la SD se copian tal cual, antes de hacer nada aseguráos de copiarlos al PC por si las moscas.
Tenéis que tener las dos consolas conectadas a internet para hacer la transferencia, y seguir las instrucciones de la pantalla, que son muy fáciles.
ACLARO: Los datos de la SD están codificados para tu cuenta de Nintendo ID, por lo que cuando acabes de hacer transferencia sólo te valdrán en la XL.
La consola desde la que haces transferencia (la de origen, no la de destino, Walvaro) te queda como formateada, y la consola a la que estás transfiriendo los datos ya tendrá todo configurado tal cual, no tendrás que hacer nada más para seguir jugando como estabas en la 3DS original (aparte de cambiar la SD de consola vieja a la nueva, claro).