@fdelpozo Muchas placas optan por ofrecer más ranuras a cambio de sacrificar algo de puertos de PCIe, de hecho en las notas de tu placa dice que si usas la ranura de arriba te desactiva los SATA 5 y 6. Si usas la segunda, te desactiva la segunda ranura x16.
*2 The M.2 Socket shares bandwidth with the SATA_5/6 ports, and therefore the SATA_5/6 ports cannot be used when an M.2 device is installed.
De hecho, no lo había visto, pero también pone:
*3 PCIe x16_2, PCIe x1_1, and PCIe x1_2 slots will be unavailable when installing M.2 PCIe SSD in M.2_2 socket.
No solo te corta el x16, sino también los dos primeros x1, por lo que solo te quedará el último PCIe x1 utilizable.
Si no tienes nada más puesto, pues no tienes de que preocuparte.