Las carpetas de install packages y tal no se borran si formateas el disco duro porque no tienen nada que ver con el, las carpetas son parte del XMB y eso esta todo guardado en la flash, tu formatealo desde las opciones de sistema sin ningun problema, veras que los 40GB no los tendras completos siempre 4 o 5GB creo que eran mas o menos se pierden como en todos los HDD por cosas de la ps3 xdd...
Un saludo!