Si tienes suficiente ram, si, puedes cargar todo totalmente en ram, pero normalmente con cargar x carpetas muy especificas en ram de las que se escriben continuamente ya alargarías la vida del pendrive de sobremanera. Cargar todo el sistema en ram es innecesario y luego para actualizar el sistema, guardar configuraciones, etc te puedes encontrar algunas peculiaridades.
Aunque existen sistemas que te cargan en ram todo el sistema al arrancar desde el pendrive, guardan temporales en la ram y solo guardan configuraciones y actualizaciones en el pendrive.
Hay muchos distros como Slax o servidores dedicados que están orientados para ser cargados directamente en ram o desde pendrives con pocas escrituras.
Habras leido por ej el modo live persistente, el cual guarda los cambios en el pendrive pero ejecuta en modo live, si quieres live en ram (lo que significaría que cargaría el sistema en ram y no leería mas el pendrive para este).
Pero sinceramente, 4 discos duros, un sistema de server no te va ocupar ni 3gb. Aprovecha un disco duro y úsalo para el sistema también porque meter temporales en un pendrive si que te mermara la capacidad de descarga (a menos que sea un usb 3.0 decente posiblemente).
Podrías haber continuado en el hilo también, ni yo recuerdo todos los detalles
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Si lo piensas bien, con lo que te vale un pendrive de 32gb (porque si piensas compartir torrents... puffff) mejor que te compres un SSD pequeño donde tener el sistema lo cual minimizaría el ruido y consumo sin preocuparte mucho por la durabilidad (60€ los de 64gb y po 80€ los de 128).
El modo para mi perfecto es un sistema de solo lectura original, el cual tiene sus configuraciones y actualizaciones en una partición con permisos de escritura. Estos se aplican se escribirían pasado x tiempo en el pendrive mientras particiones como /tmp se pasan a ram para evitar constantes escrituras y acelerar el sistema.
En este caso caso solo tengo muchas teoría y no tanta practica (al menos customizada por mi), así que comenta el hardware a usar (cpu, ram, pendrives y su velocidad) y servicios que necesitaras tener en activo ademas del tamaño de archivos a manejar de forma temporal (una vez terminado con ellos al disco duro iran digo yo).