En la BIOS se elige el dispositivo de vídeo primario, en "Auto" normalmente lo que hace es elegir simplemente la que tiene una pantalla conectada. Muchas placas base relativamente modernas también tienen una opción en la BIOS para activar ambas, cosa que suele ser útil si quieres tener más monitores que los que podrías conectar a una gráfica dedicada (lógicamente no para jugar, sino para "productividad", ya que la potencia de estas GPUs es limitada). Por eso el mensaje que comentas de "display connected to a disabled video connector" cuando lo cambias de sitio.
Hay un detalle que no te han comentado y creo que es relevante... aunque los drivers de intel sean más recientes, especialmente en equipos viejos pueden estar bastante menos "pulidos" por decirlo de alguna manera que gpus de AMD y nVidia. No en el sentido de que vaya a rendir peor, pero sí recuerdo con gpus antiguas de intel muchos problemas para los puristas para conseguir salida a 23.97hz (útil para cine en algunos casos), cuando con nVidia y en menor medida con AMD era sencillo. Y otro detalle importante que sí te han mencionado es que usar la GPU dedicada no utiliza la RAM del sistema, por lo que incluso rindiendo menos puede ser un pequeño plus.
Sobre lo último que preguntas: No supone ningún problema utilizar un PC con una gráfica dedicada muy floja. Como pequeñas pegas, un consumo ligeramente mayor que con la integrada, pero para el uso que has comentado, lo mismo da, no va a rendir ni mejor ni peor programando ni con máquinas virtuales (para esto último es un pequeño plus tener más RAM libre). La forma de elegirla es sencillamente enchufar la pantalla a la que más te interese, y de hecho si vas a dejar de usar la dedicada por completo mi consejo es que la desmontes físicamente del ordenador, y ya ahí decides si la guardas en un armario (yo lo haría porque te puede ayudar para diagnosticar problemas o sacar de un apuro), la vendes por 5-10€, o se la regalas a algún amigo que le guste cacharrear.
Saludos
