Es para ganar velocidad y espacio,ten en cuenta que cuanto más complejo es el sistema de archivos,más espacio ocupa su tabla de contenido,es decir,se aprovecha más el espacio en FAT16 que en FAT32 y el acceso a los datos es más rápido pero por ejemplo en Windows es más seguro formatear en NTFS que en FAT32 porque contiene unas rutinas de mayor seguridad el formateo en NTFS.
Pero bueno,eres libre de hacerlo,aunque supongo que no notarás demasiado la diferencia.