La capacidad de 465GB es la capacidad REAL de un disco que te venden como de 500GB.
Cuando te publicitan un disco duro te lo están dando en prefijo internacional (con base 10) y no en binario (con base 2).
Un Gigabyte (1 GB) significa 10^9 = 1,000,000,000 bytes usando potencias de 10. Sin embargo un sistema operativo te reporta la capacidad de almacenamiento usando potencias de 2 para la definición de 1 GB = 2^30 = 1,073,741,824 bytes, y por lo tanto muestra menos capacidad de almacenamiento.
Cuando compréis un disco duro, dividid la capacidad que os anuncian 3 veces por 1.024 (uno punto cero veinticuatro). Obtendréis el resultado "real" de capacidad, que en tu caso son los 465 que comentas.
Los otros 52GB son los que coje la PS3 para el sistema operativo. Ésta cantidad varía según la capacidad total del disco. A más capacidad, más coje porque asigna un porcentaje. No es una cantidad fija. Por eso en uno de 500 te coje 50 y en uno de 250 unos 23-25.
Y sobre el disco duro de 40GB lo primero que tendrás que hacer es formatearlo en FAT32 o NTFS porque el sistema que utiliza la PS3 es incompatible con el PC