No pierdes nada mientras tenga otra ID, ya que entonces volvería a instalar los archivos necesarios del S&P (el emulador) en otra carpeta y no tocaría para nada los archivos de tu S&P comprado.
La ID del S&P es NAJL, así que mientras que no tenga esa ID no hay ningún problema en que lo instales. La versión del Smash de PaRaDoX que rula por ahí tiene de ID NAJ9, por lo que no te preocupes.