Hola. Creé un hilo ayer para preguntar lo mismo sin darme cuenta de que ya estaba tratado en el foro. Te respondo con mi caso: Tengo una 3ds con el firmware 4.3, el cartucho 3DSLink y Pokémon Y original. Utilizo dos tarjetas sd en la consola (olvidemos el 3DSLink), en una tengo el launcher.dat de 3DSLink y en otra, el launcher.dat de Gateway 3DS con el firmware 2.2 Omega y la emuNAND en la version 4.3.
Cuando quiero usar Pokémon Y, introduzco en la 3DS la tarjeta SD con el firmware de Gateway y arranco en "Boot Classic Mode", de forma que entro en la emuNAND 4.3 (exactamente igual que la física, sin actualizar) y el juego arranca y guarda partida perfectamente. Cuando quiero usar 3DSLink, pongo la otra SD y a funcionar. Ten presente que quizá, no tengas actualizado el juego de Pokémon X, por lo que existen ciertos bugs, como el de guardar en Ciudad Luminalia.
Espero que todo te funcione correctamente. Un saludo