Se puede volver a descargar un juego que hayas comprado de la eShop sin pagar más por ello.
Lo que compras es en realidad una licencia de uso, no la descarga en sí. Esa licencia está asociada a tu cuenta de la eShop, y te permitirá descargarte el juego las veces que quieras.
Si lo borras, sólo tienes que mirar en tu lista de programas descargados en el menú de la eShop, o en la ficha del juego, y te aparecerá la opción de volver a descargarlo.