Yo tb me habia dado cuenta de esto al instalar SE-C desde SE-B
Tb estuve pensando que cada vez que cambiabamos las opciones del recovery estabamos escribiendo en la flah, y creo que lo que pasa es que la configuracion del recovery se guarda en la flash1, y la configuracion de los plugins del recovery en MS, claro
Y por lo visto el "SE flasher" antes de instalarse formatea la flash0, pero no la flash1 (entre otras cosas, al actualizar no perdi el fondo de pantalla, que se guarda en flash1)
Si alguien puede confirmar... aunque estoy casi seguro de esto.