desde la plaza mii hay una opción para borrar directamente el mii sin hacer nada raro...
lo de que al copiarlos se te borran de la plaza no es un bug, lo han hecho a posta (aunque no le encuentro lógica...)
se puede evitar que se incluyan en la plaza los que te encuentres jugando online desativando la opción de aceptar miis invitados.
personalmente yo quiero que la plaza esté lo más llena posible, me da igual que sea con gente que me he cruzado en el online o con las que me cruce por la calle (que tampoco he visto nunca, pero bueno...)