Lo que te han dicho e sbastante correcto:
Para la DC: unicamente boots-CDs o chips.
Para la MD, la forma del cartucho es un problema, ya que los japoneses son más redondeados y los americanos son iguales que los de akí. En mi experiencia te diría que a partir de Julio del 92 salieron los primeros juegos protegidos territorialmente y estos si que se vuelven incompatibles a menos que uses cartuchos "puente" (megakey por ejemplo) o los clásicos interruptores.
La N64 americana y la Japonesa son iguales, cambian unicamente en que los cartuchos americanos tienen la parte de atrás un pelín diferente, el cambio es en la disposicion de los huecos de atrás, y en el enganche de conexion que impide que encaje un juego japo o PAL en una consola Yankee debido a que esta ajustado a los enganches del cartucho...
Los cartuchos japoneses y los PAL son iguales fisicamente pero en este caso totalmente incompatibles.
Sin intentas meter un cartucho Yankee en una consola PAL (o japo) no se puede, por el mecanismo ya descrito (además que a menos que tengas un Passport 3 o similar no rularia claro está, esto unicamente en el caos de usar un juego NTSC en la consola PAL o viceversa...)
Respecto a lo de limar no me acuerdo si era eso o simplemente abrir la consola y quitar un enganche...
Otro metodo es el intercambiar las carcasas de los cartuchos como en el caso de los juegos antiguos de MD...
Salu2