al instalar linux te dara varias opciones de configuración de LILO, puedes ponerlo en el MBR, osea al principio de todo el disco y cuando vayas a instalar otra cosa después te lo sobreescribirá (sobre todo si es windows que no toma en consideración nada de nada)...
también tienes la opción de seleccionar la partición sobre la que quieres poner el LILO, que normalmente será en la que instalas linux
si no tienes mucha idea, veras varias cosillas como
LILO in MBR on /dev/hda (o hdb) <--esto te lo pone en el inicio
LILO on /dev/hda0 <--esto en la partició del linux
y si no sabes lo q es el /hda
/dev/hda es tu primer disco
/dev/hdb es tu segundo...
lo que pasa es que
/dev/hda0 es tu primera particion de tu primer disco
/dev/hda1 es tu segunda particion de tu primer disco