A ver. A la hora de desarrollar un juego que será multiplataforma, se puede hacer de varias formas. Yo sé la forma que usa EA (porque un ex compañero de trabajo curró en EA). No sé si será la que emplean los demás, pero me imagino que será lo más normal (dudo que EA vaya a contracorriente porque todas las compañías quieren optimizar y rentabilizar al máximo sus desarrollos. Partimos de la base de que nadie quiere hacer un juego peor en una plataforma, lo cual significaría vender menos).
Cuando se hace un juego, lo primero que se desarrolla es el motor 3D (en el caso de que se desarrolle y no se compre). El motor se hace primero para 360 por la facilidad a la hora de programar y, sobre todo, por las herramientas. Cuando ya se tiene avanzado suficiente como para tener algo que portar, se comienza el port en PS3 de ese motor. PS3 es más complicada y las herramientas son peores, con lo cual es más fácil adaptar un trabajo ya realizado que tener que pensar de cero.
Mientras se hace el port del motor, se sigue avanzando el motor original en 360 y esos avances se van portando también en PS3. Podría decirse que los dos motores se hacen a la vez pero con una diferencia de tiempo, con lo cual el de 360 empieza antes y se termina antes también.
Una vez hecho el motor, se pasa al desarrollo del juego en sí. Esto es, pues todo lo demás. Niveles, gráficos, sonidos, menus, eventos, online... en algunos casos, ciertos aspectos de programación "menores" (como algunas rutinas de sonido, etc.) se programan a la vez que se desarrolla el juego y no con el motor. Este desarrollo del juego se hace exactamente a la vez tanto en PS3 como en 360 y es el motivo por el cual los juegos pueden salir a la vez a la venta.
Entonces, dentro de lo que cabe, EA hace versiones prácticamente iguales en ambas consolas, pero hay compañías que, me imagino, no lo harán del mismo modo y por eso las diferencias son bastante más palpables. ¿Por qué pasa el hecho de que un juego sea peor en una plataforma? Pues quizás por motivos económicos (portarlo mejor supondría más personas trabajando en la versión de PS3 o más tiempo las mismas personas), por motivos de talento (quizás los "buenos talentos" se centren en la creación del motor y los menos buenos en el port), quizás por cuestiones de marketing o viabilidad (se acercan cieras fechas críticas como navidades y el juego no está en la calle, o porque tu rival va a sacar el suyo antes, véase FIFA vs PES)... hay muchos motivos pero, el principal de todos ellos, es porque, sea un port malo o bueno, en la mayoría de los casos quien quiere un juego acaba pasando por el aro y comprándoselo, y da igual que sea un cutre port que uno bueno. Los normbres venden mucho y la gente compra engañada por esto y por la publicidad.