A ver si te he entendido. Tienes dos Discos Duros, es decir, llamemoslos
disco A y
disco B. Tu vas a instalar Ubuntu en el
Disco A, de modo que has pasado los datos del
disco A al
disco B.
Tu pregunta es que si tienes que formatear B para instalar Ubuntu? La respuesta es no, de ninguna forma. Simplemente se formatea aquel espacio que necesites para la instalación. Si quieres asegurarte, puedes desenchufar el
disco B antes de instalar.
Puedes seguir operando con él sin problemas. Si quieres que el
Disco B esté disponible siempre que enciendas Ubuntu, usa el gestor de paquetes synaptic (viene con ubuntu) para bajarte el paquete ntfs-config, para activar el automontado y la escritura.
No hay ningún problema para compartir tus archivos con XP por pendrive. Tampoco lo hay si pones los ordenadores en Red Local y compartes carpetas.
Y por último, no, ningún problema con el disco duro externo.
Espero haberte sido de ayuda