Pues yo en Mavericks, me fuí a la pantalla de configuración de TimeMachine, le dije que usara mi partición de TimeMachine del HD externo, y sin problema. Además, conserva todo lo anterior, simplemente sigue haciendo las copias en esa partición.
Aunque yo también me estoy planteando la utilidad que tiene para mi. Pues a parte guardo otras dos copias de mis ficheros y siempre hago instalaciones limpias...