Si no recuerdo mal, si formateas la Wii U sin desvincular antes tu cuenta de Nintendo ID, luego no vas a poder volver a registrar la cuenta y recuperar lo descargado (hablo de los juegos, no sé si podrás hacer backup de los saves siquiera. Antes no se podía, para evitar exploits como los de Wii).
Mucho cuidado con los formateos a lo loco, que esto no son cuentas de usuario como las de MS o Sony. Espera a ver que alguien te pueda confirmar de primera mano (yo nunca he formateado la Wii U) o en todo caso, llama al SAT de Nintendo España antes de hacer nada. No vaya a ser que luego llegue el disgusto sin remedio.