La supercard lite tiene el problema de que no funciona el salvado normal del juego, a no ser que se haga como tú dices (dargle a grabar juego, y entonces hay que apaganr y encender la consola, o tal vez también funcione haciendo soft reset, que creo que es L+R+Start+Select), y seleccionas lo de "save to sd".
Otra opción es activar el salvado en tiempo real al parchear el juego de la GBA, con lo cual puedes pulsar una combinación de teclas para salvar o cargar una partida guardada en cualquier momento del juego.
Mirate los tutoriales de supercard lite, que explican lo del parcheado y el salvado en tiempo real. Están en el hilo de hilos oficiales y tutoriales de flash carts.