Primero decir que no conozco ese fallo, pero quizas te sirva de ayuda saber lo siguiente: yo tengo problemas con el cable USB, más concretamente, con la conexión del cable con la consola, a veces no conecta bien y el PC no detecta la Vita, hay que mover el cable hasta conseguir que funcione, pero claro, el más mínimo movimiento hace que se desconecte.
A mí me pasó al hacer una copia de seguridad del D3 (3,65 gb) que cuando llevaba la mitad se desconectó y mostró un mensaje de error. Antes de cambiar la tarjeta, descarta que no sea la mierda de cable que tiene la Vita.