Cuando particionas un disco, cada una de las particiones es totalmente independiente a nivel lógico de las demás. Es decir, que efectivamente puedes hacerle todas las perrerías que quieras a una partición sin que afecte a las demás, como instalar un sistema operativo desde 0.
La única "incompatibilidad" que se me ocurre es que OS X no puede escribir en particiones NTFS, aunque puede leerlas. Para poder escribir en ellas, necesitas software de terceros. Existen de pago (Tuxera y Paragon, que conozca) y gratuitos (OSXFUSE con NTFS-3G). Igual pasa al revés, Windows no puede ni leer ni escribir en particiones HFS+ de OS X sin software de terceros (de aquí solamente conozco el de Paragon, y es de pago). Si vas a instalar algo de esto, también puedes hacer lo que dice toni_v, usar el disco de 1TB sin particionar, como soporte de almacenamiento común.