El problema es que, el Windows 8.1 apagaba la alimentación de los puertos cuando apagabas el equipo y ahora el Windows 10 no lo hace. Es problema de configuración de algún tipo. Tal vez tengas que instalar algún driver controlador de tu placa o tengas que modificar algún parámetro en la BIOS para que se apaguen completamente los USBs.
Adicionalmente, estos "problemas" suelen estar relacionados con el sistema de Inicio Rápido de Windows. Prueba a desactivarlo también en las opciones de energía.