No tiene solución, en realidad es porque a la PSP ya le cuesta bastante emular la SNES, aún le cuesta más sincronizar dos juegos
Toquitea las opciones de optimización de rutinas graficas, desactiva el sonido o cosas de esas
Cuanto menos le cueste emular una ROM más sincronizados van a estar los juegos
A mi me ha pasado con ciertos juegos, con otros no (casualmente con Street Fighter Alpha 2 que debe ser el juego más potente de 16 bits nunca me ha pasado)