El disco duro lo puedes desconectar cuando la aplicación deje de leer sobre el mismo, es decir, si el HDD lo usas para el usbloader, cuando cierres el usbloader y vuelvas al menu principal de la Wii, ya podrías apagar el HDD.
Como otra medida, puedes esperar a que se apague la Wii para apagar el HDD, pero vamos, una vez que deje de estar montado se puede apagar sin problemas.