Prueba a quitarle las pilas al wiimote que quieres que sea el secundario. Despues, enciende la wii y cuando te aparezca la pantalla de seguridad, pulsa una vez el boton rojo del frontal de la consola y despues haz lo mismo con el boton rojo del wiimote que quieres como principal.
Si te lo coge bien, ponle las pilas al segundo wiimote y vuelve a hacer lo mismo con este. En principio, asi te deberia funcionar.