Si guardas un multi-bin como ISO pierdes las pistas de audio. Tendrías que guardarlo en cue/bin.
Para ambas cosas CDmage es el programa más simple que hay. Abres el CUE, le das a guardar (CTRL+S) y guardas como cue/bien. Acabarás con un bin y un cue con la información de las pistas de audio/datos.
Para guardar la música, siempre y cuando sea CDDA, le das a cada pista, botón derecho, extract track, en el desplegable Audio seleccionas WAV y luego lo conviertes de WAV al formato que quieras. El programa solo permite salvar audio en WAV, no se lía con librerías.