Simplemente instalas otro canal, no afecta al resto de datos que tengas. Es lo mismo que, por ejemplo, instalar el canal youtube, que puedes usarlo.
El mando creo que lo soportan todos los emuladores, al menos los que he probado.
Sobre la tarjeta SD, la otra opción sería instalarlo en usb, con lo que compra/busca una SD de 1 o 2 Gigas, y déjala metida en la wii. Las de más capacidad te pueden dar problemas con algun homebrew.
Si no tienes un reproductor multimedia en el salón, instala WiiMc, buenísimo.