1-Cuantos más, mejor...siempre que no entren en conflicto entre ellos.
2-Al contrario, los de 12 mueven más caudal que los de 8 y con menos ruido, aunque depende de los modelos.
3-¿Por qué no te coges los famosos Aura de APP? Son silenciosos, son bonitos y son baratos. No mueven mucho aire, pero yo creo que te valen de sobra.
4-Pues normalmente son de 3 pin para conectar a la placa. De todas formas, casi todos traen un adaptador de 3 pin a 4 pin molex, los que usa cualquier dispositivo IDE.
5-Depende y depende. Si el de 3pin son tres cables (que los puede haber de 3pin sin tres cables) sí los puedes regular SIEMPRE Y CUANDO el conector de la placa lo permita. Si no lo permite o lo conectas directamente a la fuente con el molex 4pin, irá al máximo.
Casi todos vienen con conector de 3pin regulable, pero como te digo, puede que tu placa no pueda regularlos. Mira el manual, aunque si es muy nueva no creo que tengas problemas.
6-Pues ya depende de como te lo montes y las pruebas que hagas, pero yo separaría los discos duros y pondría uno frontal o en su defecto el lateral que dices.
También pondría otro (si es que no lo trae la caja ya) entre los HD y la CPU, más tirando a la CPU.
Igual alguien te viene con una config mejor, así que espera unas cuantas respuestas más.
Saludos!