Yo me acabo de pillar una GB Micro y me encuentro en un caso similar, aunque yo tengo más de un flash, pero bueno eso es otro cantar.
Si cuentas con una carcasa de GBA puedes alternar el uso del M3 Lite PERFECT (el PRO para GBA no te vale) en ambas consolas. Asegurate de que la tienda donde lo compres tiene el modelo que viene con todas las carcasas o al menos pídele al vendedor que te mande una de GBA.
Mi recomendación es que cojas el modelo MicroSD dado que con el cambio de carcasa te queda ajustado en ambas consolas. En el caso del MiniSd en la NDS Lite te sobresaldrá.
Saludos