En la web oficial del emulador hay un bonito pdf q lo explica todo, pero bueno a grandes rasgos es asi :
creas una carpeta
c:\miscositas\
descomprimes el zip del emulador dentro
creas otra carpeta
c:\miscositas\roms\
metes las roms descomprimidas dentro
coges el cdgenps2 de usb, arrastras el contenido de c:\miscositas\ al cdgenps2 quedandote algo asi:
\roms\
\snesemu.001
\snesemu.002
\system.cnf
(no me se los nombres de memoria pero algo asi es...)
creas la bin/cue con el mismo programa y lo tuestas.