vamos a ver....
La GBA se suele conectar a la Cube mediente su correspondiente cable, y si va en un puerto o en otro eso depende del juego.
En este caso (Metroid Prime) va en el segundo puerto si mal no recuerdo, pero también necesitas en Metroid Fusion dentro de la GBA.
Si tienes terminado en Metroid Fusion se te permitirá jugar al Metroid de la NES en la tele con la GC y si te has terminado el Metroid Prime ahora podrás activar los trajes del Metroid Fusion pero que se vean dichos trajes en Metroid Prime.
¿Alguna duda más?