Es cierto, el núcleo oficial ya soporta la arquitectura AMD64. ¿Porque se necesita versiones especiales de las distribuciones?
Sencillamente, porque Linux no es sólo el núcleo, y para tener un sistema completamente de 64 bits es necesario que tambien las librerías y todo el software que compone la distro esté específicamente compilado para AMD64. De otro modo tendrías el núcleo de 64 bits y el software de 32, y nunca aprovecharías del todo la potencia del procesador.
Que es lo que ocurrirá en mi opinión con los usuarios de Windows. Aunque salga un Windows XP 64 Bits, los programas tardarán muuuuucho tiempo hasta que estén todos compilados a 64 bits, y durante el mismo los procesadores estarán infrautilizados. Bueno, ya ocurrió cuando salieron los 386 de 32 bits, que no hubo Windows ni software hasta Windows 95, mucho después, y sólo los pioneros usuarios de Linux pudieron usarlo en toda su potencia.