Hola, bueno, lo primero decirte que hay un estupendo tutorial hecho por eGladiator en el foro, te será de muchisima ayuda.
Ahora, lo de la GBA: tienes que estar en modo GBA, entras en él pulsando START en el menu del m3, vamos, en donde seleccionas lo de juego, fotos... Y una vez en modo GBA, tienes que cargarlas dándole a START, no a "A" (creo que era así).
Para que te guarde las partidas: tienes que crear en la raiz de la SD la carpeta NDSSAVE, y para que te guarde las de GBA otra que no recuerdo el nombre (te remito al tutorial otra vez). Pero estas carpetas creo que el parcheador las crea automaticamente, de todos modos compruébalo y si no, créalas tú.
Para los saves no te hace falta mucho espacio, no sabría decirte cuanto.
No pierdes datos de la SD al quitarla de la ranura, tranquila.
Hasta luego.