Con solo un disco duro trabajara.
El sistema de archivos que se use en los discos duros en el NAS no te interesa, el software del NAS se encarga de copiar, guardar o borrar los datos que le lleguen o salgan por red. Es como los discos duros en la nube -dropbox, por ejemplo-, sus cientos de discos duros que usa el servidor pueden estar en varios sistemas de archivos y para ti -en tu PC- cuando bajas o subes un archivo ¿acaso te interesa o te ha dado problemas?
No es indispensable que este conectado a un router, pero deberas asignar manualmente la direccion IP, submascara de red y puerta de enlace en la PC y en el NAS. Pero si el NAS lo quieres con cliente torrent y emule, ¿que sentido tiene hacer una conexion directa al PC y no conectarlo al router?, a lo mejor tu lo que quieres es un disco duro externo con conexion por red. Que porque tu tarjeta de red es gigabit-ethernet -velocidad de1Gbit/s- y el router es Fast-ethernet [100Mbits/s], si vas a usarlo para la reproduccion -el NAS puede tener servidor DLNA- por red, el reproductor usara como maximo la velocidad que se usa en un disco bluray-video, que es de 54Mbit/s, asi que fast-ethernet y sus 100Mbit/s que es la conexion de algunos routers viejos tiene de sobra.