Lo que te ha dejado de funcionar, pues ni idea, tal vez se daño el juego, o los datos de configuracion.
Respecto a lo del HDLoader, primero salio el HDLoader comercial, poco despues salio uno llamado HDAdvance (que se supone es mejor), luego la scene libero el FREE HD LOADER, que puede tener muchos nombres, FREE LOADER, HDLoader PATCHED, etc.
Basicamente es una versión modificada con parches que aumentan la compatibilidad, hasta donde se el mas reciente es HDloader 0.8b (o 0.7b? no recuerdo), este trae modos extras (con parches para juegos especificos) y permite escoger unos modos adicionales para que funcionen varios juegos, esta es la version recomendada.
Ademas exiten otros (USBAdvance, USBExtreme, etc) que son versiones especiales para carga por USB.