Pues varias cosas:
1.- Creo que debería funcionar así: tu MOBO trae dos conectores IDE, tienes el HD principal el 2º Hd lo haces esclavo del primero y te queda un Slot IDE totalmente disponible en el cual puedes colocar el HD del Ps2 (Master) y haces esclavo al Lector DVD/CD, suena y se ve lioso pero es una alternativa... (OJO PC APAGADO para introducir y retirar el Hd del Ps2)
2.- Compras un caja externa USB o cable IDE- USB y conectas el HD vía Usb, es más sencillo puesto que es Plug and Play y no hay que destapar ni hacer otras cosas con tu PC, simplemente lo enchufas y desenchufas, lo único que requiere es comprar dichos artilugios.
Por otro lado es normal que que tu PC no reconozca al HD de tu Ps2 puesto que trabaja en otro formato, más sin embargo sabe que está allí, esto puedes comprobar con el Administrador de Discos de Windows o con los programas diseñados para pasar los juegos al HDde Ps2 tales como HdlDumb o Winhiip.
Para finalizar a pesar de que físicamente conectes tu Ps2 al Pc éste último no reconocerá el HD que va dentro de tu Ps2, así que solo te queda sacar el Hd del Ps2 y hacer la conexión en tu Pc o el pasar los juegos via Red con HdlDumb con una tasa de transferencia de 1 ó 2 Mbps.