La instalación de otro sistema operativo es algo legal y permitido explicitamente por Sony, así que no hay ningún inconveniente.
A los juegos, juego online, PSN , etc. solo podrás acceder cuando ejecutes el sistema operativo propietario de la PS3, y no tienen nada que ver con Linux.
Creo que tu confusión viene de pensar que al instalar Yellow Dog sustituyes el sistema operativo de la PS3, y no es así:
los 2 sistemas quedan instalados y puedes seleccionar el que quieres usar en cualquier momento.
